با سلام با توجه به شرایطی که بیان کرده‌اید، اگر مرخصی پایان دوره‌تان توسط ارشد یگان گم شده و به دلیل آن برای شما فرار ثبت شده، می‌توانید اعتراض خود را به مراجع نظامی مربوطه ارائه دهید. بر اساس ماده 62 قانون مجازات جرائم نیروهای مسلح، هرگونه غیبت یا فرار بدون مجوز باید با دقت بررسی و در صورت اثبات، تغییرات لازم اعمال گردد. شما حق دارید در کمیسیون انضباطی واحد نظامی به تصمیم گرفته شده اعتراض کنید. همچنین، می‌توانید از طریق دادسرای نظامی و یا دیوان عدالت اداری پیگیری لازم را انجام دهید و درخواست بررسی مجدد و مستندات ارائه شده خود را داشته باشید. مستندات و مدارک معتبری از درخواست مرخصی و هر گونه مکاتبه‌ و یا تماس‌های گرفته شده را جمع‌آوری و ارائه دهید تا اقدامات اداری لازم صورت گیرد.