در صورتی که شهروندان، قصد شکایت از اعمال و تصمیمات خلاف قانون شهرداری یا قصد ابطال مصوبات خلاف قانون شهرداری را داشته باشند، در این صورت، نحوه شکایت از شهرداری، از طریق ثبت شکایت در سامانه ثبت درخواست دیوان عدالت اداری بوده و پیگیری شکایت نیز از طریق همین سامانه، انجام خواهد گرفت.
اعتراض به آرای کمیسیون ماده 100 شهرداری، عدم صدور پروانه ساختمانی با وجود فراهم بودن شرایط قانونی و ابطال بدون مجوز پروانه های صادر شده از سوی شهرداری، از جمله مواردی است که در دیوان عدالت اداری، به آن، رسیدگی خواهد شد.