سلام با توجه به شرح شما، مراجعه به دیوان عدالت اداری با استناد به مواد ۷۴ و ۷۶ قانون شوراها و نقض اصل بی‌طرفی، قوی‌ترین راه حل است. شکایت به استانداری نیز می‌تواند به صورت موازی انجام شود.

مرجع شکایت، دیوان عدالت اداری است و باید دادخواست ابطال مصوبه تأیید استعفای شهردار را به طرفیت شورای شهر و هیأت تطبیق فرمانداری ثبت کنید.مستند قانونی ابطال، مواد ۸۰ و ۸۳ قانون تشکیلات، وظایف و انتخابات شوراهای اسلامی کشور است چون رأی‌گیری و تصویب با حضور و امضای عضو ذی‌نفع و فاقد نصاب قانونی معتبر انجام شده و مصوبه خلاف قانون محسوب می‌شود.