برای شکایت بسته به مشکل پیش آمده، راه‌های متفاوتی وجود دارد. به‌طور کلی 3 راه شکایت از فروشگاه‌های اینترنتی پیش روی شما قرار دارد: 1- شکایت از طریق سامانه نماد اعتماد الکترونیکی 2-شکایت از طریق پلیس فتا 3-شکایت از طریق مرجع قضایی برای شکایت از فروشگاه‌های اینترنتی از طریق سامانه نماد اعتماد الکترونیکی، فروشگاه اینترنتی باید دارای نماد اعتماد الکترونیکی باشد. اگر فروشگاهی که از آنجا کالای خود را خریداری کرده‌اید یا خدماتی را دریافت کرده‌این دارای نماد اعتماد الکترونیکی باشد کافی‌ست به آدرس HTTPS://ENAMAD.IR مراجعه نمایید، سپس به صفحه ثبت شکایت روی آیکون ورود به سامانه ثبت شکایات کلیک نمایید. پس از ثبت شکایات خود می‌توانید مشکل خود را پی‌گیری کنید. نماد اعتماد الکترونیکی توسط مرکز توسعه تجارت الکترونیکی وزارت صنعت، معدن و تجارت به سایت‌های دارای صلاحیت اعطاء می‌شود. این نماد، ضمانتی برای اطمینان کاربران برای خرید از درگاه‌های اینترنتی معتبر به حساب می‌آید. با توجه به اینکه فروشگاه‌های اینترنتی مجاز دارای نماد اعتماد الکترونیکی یا اینماد هستند در صورت عدم پاسخگویی مناسب این فروشگاه‌ها و در مواردی مانند عدم استرداد کالا در بازه زمانی هفت روزه بر اساس شرایط قانونی یا تحویل کالای معیوب و … می‌توان از طریق همین سایت اقدام به شکایت از فروشگاه اینترنتی نمود. یکی دیگر از راه‌های شکایت از فروشگاه‌های اینترنتی شکایت از طریق پلیس فتا است. ماهیت پلیس فتا ، عملیاتی است به این معنا که به صورت تخصصی و از طریق تجهیز به منابع نیروی انسانی ، دانشی و تجهیزاتی نسبت به تأمین امنیت فضای تولید و تبادل اطلاعات با رویکرد مقابله با جرایم از طریق پیش‌بینی ، پیش‌گیری و کشف جرم اقدام می‌نماید. شما می‌توانید با مراجعه به وب‌سایت پلیس فتا، شکایت خود را در ارتباط با وب ‌سایت، سایت فروشگاه‌های اینترنتی، شبکه‌های اجتماعی، تخلف در اپلیکیشن و بازی و حتی پست الکترونیکی را مطرح کنید. پس از ورود به سایت باید به قسمت خدمات الکترونیکی وارد شوید. پس از ورود به قسمت ثبت گزارش مردمی ، باید گزارش تخلف سایت فروشگاه اینترنتی مربوطه را ارائه دهید. در روش سوم برای شکایت از فروشگاه‌های اینترنتی می‌توانیم از طریق مرجع قضایی اقدام کنیم. به این صورت که شخص شاکی باید با داشتن مدارک کافی از جمله رسید واریز وجه و… به دادسرای جرایم رایانه‌ای در تهران و به دادسرای محل سکونت خود در سایر شهرستان‌ها مراجعه نماید و شکایت خود را با نوشتن شکواییه مطرح نماید. دادسرای عمومی و انقلاب ناحیه 31 تهران ملقب به دادسرای رسیدگی به جرائم اینترنتی است که مسئولیت رسیدگی به جرائم مربوط به تخلفات در حوزه فضای مجازی می‌باشد. در کنار طرح شکایت در ای‌نماد می‌توان از طریق اتحادیه کشوری کسب و کارهای مجازی نیز تخلف صورت گرفته از سوی فروشگاه‌های اینترنتی را پیگیری کرد. بنابراین گران فروشی، کم فروشی، تقلب، اخفاء و امتناع از عرضه کالا، عدم صدور فاکتور، فروش اجباری و سایر موارد موضوع قانون تعزیرات حکومتی در صورتی که از سوی فروشگاه‌های اینترنتی واقع شوند، علاوه بر شکایت در ای‌نماد و اتحادیه مربوطه قابل شکایت از طریق تعزیرات نیز هستند اما عموماً این راه‌ها زمان‌بر هستند. نقض حقوق مصرف کننده، نقض قواعد تبلیغ، نقض حقوق علامت تجاری و … در صورتی که از سوی فروشگاه‌های اینترنتی سر زند در دادسرای جرایم رایانه‌ای قابل تعقیب قضایی می‌باشد.