با سلام در سایت مسکن ملی و وام ودیعه مسکن کاملا توضیح داده شده است که نباید از خدمات دولتی استفاده شده باشد

سلام و عرض ادب
در مقررات و دستورالعمل های وام ودیعه، داشتن یا برخورداری از برخی حمایت های دولتی مسکن و نیز وضعیت مالکیت و سابقه تسهیلات میتواند باعث رد شدن سامانه شود، بنابراین بله ممکن است ارتباط داشته باشد.
کار عملی این است که علت رد را از سامانه و بانک کتبا بگیرید و اگر شرایط را دارید، از مسیر اعتراض و بررسی مجدد همان مرجع اقدام کنید.