به استناد ماده 48 قانون قاچاق کالا و ارز به محض تشکیل پرونده برای متهم موضوع به اجرای احکام تعزیرات حکومتی جهت توقیف اموال متهم ارجاع می شود و این دستور قابل اعتراض نخواهد بود. مرجع اجرا تمامی اموال در دسترس متهم را توقیف خواهد نمود.

برخلاف نوع رسیدگی در دادگاه ها و مرجع قضایی، رسیدگی در سازمان تعزیرات حکومتی شیوه ترافعی نداشته و بیشتر به بررسی تخلف اداری نزدیک است تا رسیدگی در دادگاه. برای مثال یکی از ادله قوی در دعاوی حقوقی یا کیفری که عموما قاطع دعوا است، موضوع شهادت شهود است. در حالی که شهادت شهود و یا استشهادیه محلی اعتبار چندانی در رسیدگی های تعزیراتی ندارد.

رسیدگی به تخلفات اصناف و یا موارد قاچاق کالا و ارز در صلاحیت سازمان تعزیرات می باشد. رسیدگی در سازمان تعزیرات تقریبا شباهتی به رسیدگی در دادگاه نداشته و اصولا بصورت اداری رسیدگی صورت می گیرد. به بیانی ساده تر دلایل و مواردی همچون شهادت شهود و تحقیقات محلی و یا سوگند در رسیدگی به تخلفات در سازمان مربوطه جایگاهی نداشته و عموما بر اساس گزارش های انجام گرفته از سازمان های ذیربط رسیدگی انجام می شود.