کمیسیون ماده 99 در محل استانداری تشکیل می شود. این کمیسیون متشکل از نمایندگان وزارت کشور، وزارت راه و شهرسازی و قوه قضاییه است.
کمیسیون ماده ۹۹، برای رسیدگی به تخلفات ساختمانی خارج از فضای شهری در نظر گرفته شده است (خارج از طرح جامع شهری و اصولا، دِه ها و روستاها)، برخلاف کمیسیون ماده ۱۰۰ شهرداری که جهت رسیدگی و تعیین تکلیف در خصوص تخلفات ساختمانی واقع در محدوده فضای شهری است
لذا چانچه شخصی خارج از حریم شهرها ساخت و ساز غیرمجاز کند، تخلفات ساختمانی او به این کمیسیون ارجاع می شودپس از ارجاع پرونده به کمیسیون ماده 99 مربوط در محل استانداری واقع در استان محل وقوع ملک، و اتخاذ تصمیم از سوی مقامات اداری و قضایی مربوط و انشاء رای توسط عضو قضایی کمیسیون رای قطعی صادر میگردد، این رای همانند آرای کمیسیون ماده ۱۰۰ قانون شهرداری ها، به دو گونه میباشد:
الف: یا حکم به تخریب عملیات ساختمانی یا قلع و قمع بنا می دهند.
ب: یا نسبت به أخذ جریمه اقدام می کنند. این جریمه با توجه به شرایط منطقه و حریم شهری، عموماً ۵۰ تا ۷۰ درصد قیمت اعیانی ملک است.
نهایتأ رای قطعی صادره مانند دیگر کمیسیون ظرف سه ماه (مطابق اصلاحیه قانون دیوان عدالت اداری) قابل شکایت در دیوان عدالت اداری خواهد بود
مطابق رای شماره ۱۴۰۳۳۱۳۹۰۰۰۱۳۱۶۴۸۷ مورخ ۱۴۰۳/۶/۶ هیات عمومی دیوان عدالت اداری (بند چهارم)
بر اساس بند ۱۱ ماده ۷۸ قانون تشکیلات، وظایف و انتخابات شوراهای اسلامی کشور و انتخاب شهرداران مصوب سال ۱۳۷۵ همراه با اصلاحات و الحاقات بعدی، «تشکیل پرونده و صدور پروانه ساختمان برای ایجاد بناها و تأسیسات واقع در محدوده قانونی روستا پس از هماهنگی با بنیاد مسکن انقلاب اسلامی و اخذ نظرات فنی نهاد مذکور در چهارچوب ضوابط و مقررات طرحهای هادی مصوب روستا» به عنوان یکی از وظایف دهیاران اعلام شده است. بنا به مراتب فوق، ساخت و ساز در اراضی روستایی دارای کد آبادی و شورای اسلامی روستا و دهیاری که فاقد طرح هادی مصوب است، مستلزم اخذ پروانه ساختمانی از دهیاری بوده و هرچند ضوابط ساخت و ساز در اراضی مذکور توسط بنیاد مسکن انقلاب اسلامی تعیین میگردد و ملاک صدور پروانه ساختمانی است لکن این اراضی مشمول ضوابط مقرر در قانون حفظ کاربری اراضی زراعی و باغها مصوب سال ۱۳۷۴ همراه با اصلاحات و الحاقات مصوب سال ۱۳۸۵ نیز هست و مراجع صدور پروانه ساخت و ساز در این اراضی مکلّفند قبل از هرگونه اقدام نظریه کمیسیون تبصره ۱ ماده ۱ موضوع قانون مذکور را اخذ نمایند. بر این اساس در مواردی که در اراضی روستایی دارای کد آبادی و شورای اسلامی روستا و دهیاری که فاقد طرح هادی مصوب است، بدون اخذ پروانه ساختمانی و بدون اخذ استعلام از وزارت جهاد کشاورزی و کمیسیون تبصره ۱ ماده ۱ قانون حفظ کاربری اراضی زراعی و باغها درخصوص نوع کاربری زمین ساخت و ساز صورت گیرد، آرای صادره توسط کمیسیون های موضوع تبصره ۲ ذیل بند ۳ ماده ۹۹ قانون شهرداری مبنی بر قلع و تخریب صحیح است.