مطابق آیین نامه مربوط به بستر و حریم رودخانه ها، انهار، مسیلها، مردابها، برکه های طبیعی و شبکه های آبرسانی، آبیاری و زهکشی مصوب ۱۳۷۹/۰۸/۱۱، شرکتهای آب منطقه ای مکلفند با توجه به امکانات، حد بستر و حریم رودخانه ها، انهار، مسیلها، مردابها و برکه های طبیعی موجود در حوزه فعالیت خود را با برنامه ریزی مشخصی و با اعزام کارشناس یا کارشناسان ذی صلا ح طبق مقررات این آیین نامه تعیین نمایند و به ذینفع اعلام و آگهی محلی نماید، لذا ذینفع میتواند چنانچه اعتراضی داشته باشند ظرف یک ماه از تاریخ انتشار اطلاعیه، اعتراض خود را به شرکت مربوط تسلیم و رسید دریافت دارند. چنانچه اعتراضی نسبت به بستر و حریم تعیین شده در مهلت مذکور در فوق واصل شود، شرکت آب منطقه ای مربوط اعتراض را به کمیسیونی مرکب از دو نفر کارشناس فنی ذی صلا ح و یک نفر کارشناس حقوقی که از بین مجربترین کارشناسان شرکت با ابلاغ مدیر عامل منصوب میشود، ارجاع مینماید.
پس از صدور نظر هیئت مربوط ذینفع میتواند اعتراض خود را به کمیسیون ماده۳ واقع در شرکت آب منطقه تقدیم نماید.
کمیسیون مقرر در تبصره ۵ ماده واحده قانون تعیین تکلیف چاه های آب فاقده پروانه بهره برداری مصوب ۱۳۸۹ مجلس شورای اسلامی مبنی بر رسیدگی به اختلافات ناشی از اجرای این قانون (ماده واحده) و قانون توزیع عادلانه آب ، در مفاد قانون توزیع عادلانه آب و آیین نامه مربوط به بستر وحریم، نحوه تشخیص و اعلان حریم و بستر مجاری آبی مشخص شده است ، که کمیسیون مقرر در ماده ۳ آیین نامه مذکور نظر قطعی وزارت نیرو در مورد بستر و حریم مجاری آبی می باشد.
لکن در صورتیکه اشخاص به این نظر اعتراض داشته باشند می توانند دادخواست خود را به دبیر خانه کمیسیون تبصره ۵ ارائه تا این کمیسیون در ماهیت به اعتراض آنان رسیدگی و اقدام به صدور رای نماید.
رای صادره از طریق کارتابل (اتوماسیون) به شرکت آب منطقه ای ارسال و ذینفع میتواند حضورا مراجعه و رای را وصول و رسید مبنی بر وصول ابلاغ نظر کمیسیون ماده ۳ ارائه نماید و پس از آن بیست روز فرصت اعتراض در کمیسیون آبهای زیر زمینی با حضور (عضو قضایی، نماینده شرکت اب، نماینده جهاد کشاورزی) دارد که. کمیسیون مربوطه، ضمن تعیین وقت و احضار ذینفع، با مداقه در اسناد و دفاعیات در پرونده، نسبت به تایید یا نقض رای کمیسیون ماده ۳ رای صادر میکند. لذا رای فوق سابقاً ظرف بیست روز قابل اعتراض در دیوان عدالت اداری بود (مطابق اصلاحیه اخیر قانون دیوان عدالت اداری موعد ۲۰ روز منسوخ شده و موعد قانونی ان سه ماه است) که ذینفع میتواند از رای صادره علیه خود تظلم خواهی و اعتراض در شعبات دیوان عدالت اداری مطرح نماید.